Je viens de trouver un lien, qui énonce 25 raisons de ne pas faire un site en flash, raisons que j'approuve totalement.

Mais je pense qu'il ne faut pas non plus abandonner l'idée d'utiliser le flash. Ce n'est pas si mal pour faire des animations, donner un peu de vie au site. Mais cela doit être utilisé uniquement pour de la présentation. Pas pour du contenu ou de la navigation.
Et puis, faut eviter aussi de les utiliser pour les pubs. Non seulement beaucoup de gens en ont marre de la pub, mais en plus bouffer de la bande passante pour ça, non merci !